女性卵巢囊腫有多種型別。常見的有濾泡囊腫、黃體囊腫，兩者均為功能性卵巢囊腫，是女性在排卵期間或排卵後出現異常形成，多發生於育齡婦女。其次是巧克力囊腫，醫學上稱為卵巢子宮內膜異位囊腫，是種植於卵巢的子宮內膜樣組織隨月經發生週期性增生、脫落，經血累積形成。因破裂後暗紅色的陳舊經血流出，狀如熱巧克力，故而得名。
功能性卵巢囊腫，多數都無明顯症狀和體徵，僅在盆腔檢查時發現。這類囊腫通常對人體是無害的，一般無需治療即可自行消失，只需定期複查。如囊腫較大（≥8cm），出現尿頻、腹痛、月經週期不規律等症狀，可採用熱療和止痛藥物進行家庭治療，一般症狀可緩解。如囊腫發生扭轉、破裂，緊急腹腔鏡下卵巢囊腫剝離術，術中應完整剝離囊壁，儘可能減少對卵巢組織損害；對於年老無生育要求者，行卵巢切除術。
巧克力囊腫，簡稱巧囊，這類囊腫對人體有害，患者常有經期疼痛，不孕。輕者使用止痛藥物或避孕藥治療；疼痛嚴重或囊腫較大者可行腹腔鏡下巧囊切除術。應該注意的是，對於希望生育者，應儘早促使其妊娠，一旦妊娠，異位內膜病灶壞死萎縮，分娩後症狀緩解並有望治癒。
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