下丘腦功能障礙導致不排卵是由於下丘腦的輸入訊號不正常而導致促性腺激素釋放激素減少。好發於年輕婦女，以精神性低促性腺激素性閉經最多見。各種異常刺激包括突然的精神刺激、劇烈的運動、過度恐慌、憂鬱、精神緊張、盼子心切導致閉經等。精神性厭食、單純體重下降性閉經和運動量過大也可導致內分泌的障礙；全身嚴重的消耗性疾病或營養不良也可致無排卵和閉經。其特點是直接和間接地引起下丘腦的GnRH 脈衝式分泌異常導致垂體促腺激素分泌異常，FSH與LH水平下降，LH峰消失，造成無排卵。
1、Kallman綜合症：以低促性腺激素、性激素為主，伴有嗅覺減退或缺失的一種遺傳性疾病。主要表現為原發性閉經，到達青春期年齡無性徵發育，染色體核型正常，卵巢及女性內生殖器分化正常，低促性腺激素水平低下，雌孕激素水平低下，卵巢無功能活動。
2、神經性厭食：是一種精神神經內分泌紊亂性疾病。臨床表現為閉經伴不同程度的性徵消退，子宮和卵巢縮小，消瘦明顯。
3、全身性疾病：如重度營養不良，過度肥胖，飲食中缺少維生素A、B、E均可影響卵巢功能，內分泌代謝方面疾病，如甲狀腺或腎上腺功能亢進或減退、重症糖尿病均可影響卵巢功能而導致無排卵。
4、黃體功能不足或黃體功能不全：由於卵巢黃體分泌孕酮的量不足或時間短造成的。
這一類排卵障礙的治療涉及精神治療和生活方式的調整，使其恢復下丘腦－垂體－卵巢的功能。因其低性腺激素的特點，所以對要求生育者可應用促性腺激素治療來誘發排卵 。
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