目前種植睫毛有兩種選擇，即假體睫毛種植與自體睫毛種植，其選材不同，種植方法不相同，手術風險也有一定的差異性。
假體睫毛種植是使用膠粘合劑等化學物質，將人工毛髮粘接到原生睫毛上。若接觸到眼結膜、眼球結膜、角膜等，可以刺激結膜引起結膜炎，出現眼睛充血發紅、分泌物多、畏光流淚、疼痛等症狀；若對種植睫毛時使用的膠粘合劑過敏，還可引起接觸性瞼皮炎；此外，長期應用人工毛髮，眼睛容易粘染細菌，也有害原生天然睫毛的危險。
自體睫毛種植是選用枕部毛髮作為睫毛供發區，將毛囊取出並移植到睫毛稀少的部位，通常在局麻情況下完成。術後可有輕微紅腫、瘙癢等情況，均屬正常表現，1-3天即可消退。若醫生操作不當，可影響原先睫毛的生長，甚至會引起倒睫，即睫毛排列畸形，使睫毛持續刺激結膜或角膜，引起結膜炎或角膜炎。另外，進行睫毛種植手術後，如果養護不當，還可能導致種植睫毛脫落、瞼緣瘢痕、內翻倒睫等情況。
此外，並不是所有人群都適合做睫毛種植手術，具有以下情況的求美者應詢問醫生，是否可以進行睫毛種植，如月經期、孕期、哺乳期，嚴重的瘢痕體質者，感冒、發燒，有心臟病、高血壓等臟器疾病等。
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