胃腸功能紊亂能否自愈與病情的輕重有關。輕度胃腸功能紊亂通常可以自愈，但如過病情較重，一般難以自愈。
胃腸功能紊亂多因情緒緊張、焦慮等精神因素所致，如生活與工作上的困難、煩惱、意外不幸等。對於輕度胃腸功能紊亂患者，可以通過調整飲食結構和習慣進行改善，如注意飲食規律和衛生，進餐定時定量或少量多餐，以清淡、易消化飲食為主，避免進食生冷、油膩等不容易消化的食物。但多數的胃腸功能紊亂病情較重，一般情況下難以自愈，可至精神科就診，通過心理疏導或者抗精神類的藥物進行調節。此外，如果是消化道疾病導致胃腸功能紊亂，如胃炎、胃潰瘍等，需至消化內科進行藥物治療。
胃腸功能紊亂的患者應注意保證充足的休息，保持規律的生活，調節自身狀態，並適當參加體育鍛煉，促進疾病的恢復。
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