兒科許多疾病由病毒引起的，對病毒感染患者，如果處理不當，很容易引起院內感染，尤其是兒科患者，更應該注意。常見的抗病毒藥物有用於流行性感冒的奧司他韋、帕拉米韋、扎那米韋，用於病毒性肺炎、腦炎的阿昔洛韋、更昔洛韋，還有用於手足口病的一些中成藥等。目前，還沒有特效的抗腸道病毒性藥物，如果應用干擾素、利巴韋林有一定的效果，但應注意利巴韋林的不良反應和生殖毒性。使用中成藥的話，以清熱去溼解毒的原則進行治療，比如蒲地藍、康復新溶液、六神丸等等。兒童用藥，最重要的是關注不良反應，一是為兒童本身的生理特點決定，二是兒童使用的大部分藥物沒有經過臨床研究，所以說明書中很多都缺少兒童用藥的依據。另外，抗病毒藥物的不良反應主要是以噁心、嘔吐、腹脹和腹瀉為主的胃腸道反應，發熱、皮疹為主的過敏反應。除此之外，有些藥物會導致轉氨酶升高。
在使用抗病毒藥物之前，應該要確定是否由病毒感染引起或者由哪種病毒引起的，如果不確定哪種病毒引起的，可使用廣譜的抗病毒藥物。明確診斷後，對症根據感染部位確定給藥途徑，根據嚴重程度確定藥物劑量和療程。
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