清宮手術會產生一定程度的疼痛，但疼痛程度因人而異，通常整個清宮手術大概需要30分鐘左右。
清宮手術是經陰道，宮頸進入宮腔內，使用刮勺或吸管將宮腔內的內膜組織，異常殘留物等清理乾淨。此過程如果患者無粘連、子宮異常等情況，大概需要30分鐘左右。如果有其他異常情況則可能需要更長時間。由於在操作時需要先擴張宮頸，未生育女性宮頸口卻相對較緊，擴張時就可能會引起較為劇烈的疼痛，已生育女性宮頸口較鬆弛，擴張時疼痛感輕微，甚至沒有痛感。此外，清理宮腔時，器械搔刮子宮內膜會誘發子宮收縮，也會引起疼痛，這種疼痛的程度就要根據女性對疼痛的敏感度來判斷，多數女效能夠耐受，少數痛閾較低的女性，可能因疼痛而誘發噁心、嘔吐、心慌、血壓降低等症狀。
清宮術前要全面評估患者對疼痛的耐受度，對於痛閾低或者懼怕清宮引起疼痛的患者，可以在靜脈複合麻醉下進行操作。
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