空孕囊多數會引起自然流產，但沒有確切的時間，需根據自身情況來判斷，不可一概而論。
如果平時月經規律，懷孕42天超聲檢查即可發現有原始心血管搏動以及卵黃囊，懷孕超過60天沒有胎芽胎心，孕囊在3cm以上，考慮為空孕囊。一般情況下，空孕囊會逐漸自然流產掉，確診後需要及時結束妊娠，否則空孕囊在宮腔內停留的時間太長，會導致稽留流產，可能引起婦科炎症，甚至影響之後的懷孕。
懷孕後應定期檢查，如無腹痛流血，可以在7-8周時進行超聲檢查，以確定胚胎是否存活。如出現腹痛、陰道不規則流血，應隨時到醫院檢查，排除宮外孕或是流產的可能。
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