通常情況下，第二次排畸一般在孕28-32周左右做最好。
第二次排畸檢查主要是為了檢查胎兒心臟、肺部和腦部發育的情況，也可以檢查胎兒其他器官發育的情況。第二次排畸檢查還可以瞭解胎位，胎盤的位置和成熟度，以及羊水情況等，一般在孕28-32周做。在孕24周左右的時候，會進行第一次排畸檢查，但此時胎兒各個器官只是初始發育，對於腦積水、心臟畸形、肺部發育異常等還不能表現出來，所以在孕後期，仍然需要進行再一次排畸檢查。
第二次排畸檢查是在孕後期進行，此時胎兒體積比較大，在子宮內活動餘地小，而且孕後期羊水量相對少一些，所以不可能查出來胎兒所有器官發育情況，不能代替第一次排畸檢查。
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