雌激素檢查的最佳時間與患者的狀態及性別相關。對於一般的女性患者，建議在月經來潮的第2-3天檢查雌激素，而對於男性患者或者閉經的女性患者，則可以在任何時間進行雌激素檢查，並無特殊的時間要求。
月經來潮的第2-5天是卵泡生長早期，各種激素分泌較少，可以檢查出卵巢的基礎分泌情況，尤其在月經來潮的第2-3天行雌激素檢查最為合適。但特殊情況下，如患者病情較為危急，則需立即前往醫院急診或內分泌科行雌激素檢查。
此外，無論是男性患者，還是女性患者，均建議在上午空腹時進行雌激素檢查，並且在抽血前避免劇烈運動，因為飲食和運動均會影響雌激素檢測的準確性，從而不利於醫生對於疾病診斷。
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