做增強CT存在一定副作用，但一般在可接受範圍不會對身體造成危害，通常1-3天左右身體便可恢復。
增強CT的副作用通常由造影劑所引起。正常情況下，患者進行此項檢查後，幾個小時後便會將造影劑排洩出來。但部分病人，尤其過敏體質的患者，可出現輕微過敏反應，如面板瘙癢、潮紅、水腫，輕度喉頭水腫等現象，通常需1-3天才可逐漸自行消失，無需特殊治療。因此患者做增強CT檢查結束後，需觀察1-2個小時左右，無異常表現方可離開。
此外，患者行增強CT檢查時還需注意，檢查前不能進食，需空腹檢查。並且有嚴重甲亢以及對碘造影劑過敏的患者不能做增強CT。
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