由於藥物的副作用引起的不孕，在醫學上稱為藥源性不孕。據統計，4％-6％不孕是由藥物引起的。
可能導致藥源性不孕的藥物有以下幾種：
磺胺藥：如複方新諾明常用於治療尿路感染、呼吸道感染等，它在生育方面的副作用是抑制睪丸功能，使精子數量明顯減少、精子活動力明顯減弱。
抗生素：呋喃西林及其衍生物，會抑制睪丸細胞碳水化合物的代謝和氧耗，使生精細胞中的 DNA濃度下降，引起精子減少導致不孕。大環內酯類藥物如紅黴素、螺旋黴素等，會造成精子發育停止、有絲分裂減少，使精子被殺傷或被殺死，存活的精子活動力也明顯下降。氨基甙類藥能阻斷初期精母細胞的減數分裂，故影響精子的發生。
甲氰米胍：此藥用於十二指腸潰瘍的治療，大量持續使用可引起精子數量減少。
抗腫瘤藥：壞磷醯胺是常用的抗癌藥，當每日總量達到6-10克時，會引起精子數量顯著減少，甚至發生無精子症。女性可出現月經週期紊亂。瘤可寧(苯丁酸氮芥)對性腺有毒副作用，80％的青春期患者用藥後會發生少精子症，若患者用藥總量超過25mg/kg，將發生不可逆的少精子症或無精子症。
激素類：
長期應用過量的類固醇激素，可抑制男性下丘腦-垂體-睪丸軸功能，使睪丸萎縮精子生成減少。採用雌激素可使男性出現陽痿、射精延遲和不能射精。使用腎上腺皮質激素可使女性發生性高潮喪失、月經失調、閉經，雄性激素能使女性出現月經推遲、性慾亢進和男性化。
抗高血壓藥：利血平可降低性慾。長期使用抗高血壓藥會影響垂體功能，抑制精子的產生使精子減少甚至無精子生成。降壓靈、心得安、甲基多巴等均能引起性慾下降、月經失調和不射精。
鎮靜安眠藥：長期使用或濫用巴比妥和非巴比妥鎮靜安眠藥，可使女性出現月經失調和排卵障礙。男性可出現性慾下降、陽痿或性高潮喪失。氯丙嗪導致雌激素和雄激素分泌減少，在男性可致陽痿、射精困難、睪丸萎縮及男性乳房發育症;在女性可出現月經異常、閉經等。較大劑量應用利眠寧和安定時，可引起男性陽痿和女性月經失調、排卵障礙等。
麻醉和鎮痛藥：嗎啡、杜冷丁、海洛因等能干擾下丘腦-垂體系統的調節過程，造成射精障礙，導致不育。
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