慢性便祕的病因十分繁雜，可歸納為兩大類：一是繼發性便祕，常見引起繼發性便祕的原因包括低纖維素飲食、腸道腫瘤、藥物或某些疾病如代謝性和內分泌性疾病、系統性疾病、神經性或精神性疾病等。如沒有發現明確的繼發性因素或疾病導致便祕的發生，則可以診斷為原發性便祕(或功能性便祕、特發性便祕)。
根據其病理審理學改變，原發性便祕或功能性便祕主要可分為以下三型：
(一) 結腸傳輸功能障礙型-慢傳輸型便祕
此型又稱為結腸無力症，是指腸內容物從近端到結腸和直腸遠端通過時間較正常減慢。
該型多發生於年輕和中年女性(平均發病年齡為25歲)，表現為排便次數減少，少便意，糞質堅硬;肛直腸檢查時無糞便或觸及堅硬糞便，而肛門外括約肌的縮肛和用力排便功能正常;全胃腸或結腸通過時間延長;缺乏出口梗阻型便祕的證據，如氣球排出試驗正常，肛門直腸測壓顯示正常。
雖然在部分患者，腸內容物通過緩慢可能與飲食文化有關，但對於多數患者，該型的病生理機制目前並不明瞭。測壓研究表明，結腸動力降低是造成結腸傳輸功能障礙的原因。目前採用高階顯微技術研究結腸慢傳輸的基礎病變，發現腸肌間神經叢異常和腸神經遞質改變，如神經絲蛋白堆積聚集和神經間質增生，抑制性神經介質一氧化氮(NO)和血管活性腸肽(VIP)增多，這些都可能與結腸動力障礙有關。
慢傳輸型便祕又可再分為兩型：
n結腸無力：與高幅傳送收縮減少有關，通常認為該蠕動序列是結腸內容物進行集團運動的機制。因此，該蠕動序列缺乏可表現為右半結腸內殘餘糞塊停留時間過長。
n末端結腸運動紊亂：正常情況下，末端結腸運動構成了腸內容物運轉的機械性屏障，末端結腸運動的異常和不協調就可能導致便祕的發生。在此型便祕，由於腸內容物通過緩慢，使結腸的充盈速度減慢，進而導致直腸的反應性下降，甚至遲鈍。同時，腸內容物中的水分被過度吸收，以致糞便乾結，加重了排便的困難。
(二) 出口梗阻型便祕
此型又常稱之為“出口梗阻”、“排空障礙”或“排空阻滯”、“肛門痙攣”或“盆底功能障礙”等。
導致功能性出口梗阻的異常包括橫紋肌功能不良、直腸平滑肌動力障礙、直腸感覺功能損害、肛門內括約肌功能不良、暫時性解剖梗阻如直腸粘膜內套疊或全層內套疊、直腸前膨出、骶直分離和盆底疝等。在發生便祕前，該型患者可有經陰道分娩史或盆腔手術史。該型患者在排便時，盆底肌和肛門外括約肌不能完全鬆弛或是產生矛盾性收縮，導致大便排出受阻;部分患者有排便反射的損害或喪失，使直腸排便敏感性降低，導致糞塊在直腸淤積，形成便祕;其它的導致出口梗阻的原因還包括有會陰下降綜合徵或腹肌無力等。但是很多的潛在因素均可涉及功能性出口處梗阻，所以很難確定它們與慢性便祕的因果關係。另外，功能性出口處梗阻的主要致病因素隨病人而異，很多病人無法用單一病變來解釋，必須詳細分析所得到的檢查結果，才能瞭解每個病人便祕的基本原因。
出口梗阻型便祕的特點為全結腸傳輸時間正常或僅輕度減慢，但殘餘物在直腸停留時間過長。在這種情況下，腸內容物無法完全從直腸排空。患者常常表現為排便費力、有排便不盡或下墜感，排便量少，有便意或缺乏便意;肛門直腸指檢可發現直腸記憶體有多量泥樣糞便，用力排便時剛門外括約肌可以表現為矛盾性收縮;全胃腸或結腸通過時間正常，多數標誌物存留在直腸內;肛門直腸測壓可發現，用力排便時肛門括約肌的矛盾收縮或直腸壁的感覺閾值異常等。
該型患者常常主訴排便費時、費力或排便不盡。
(三) 混合型
即合併存在結腸傳輸功能障礙和功能性出口梗阻，患者同時具有上述兩型便祕的特點。
以上三型適合於功能性便祕，也適合於其他病因引起的慢性便祕，例如糖尿病、硬皮病合併的便祕，以及藥物引起的便祕多是慢傳輸型。便祕型腸易激綜合徵(Constipation-predominant irritable bowel syndrome，IBS)：是指以腹部不適或疼痛，伴排便習慣改變和排便異常為特徵的慢性功能性腸病，鋇灌腸或結腸鏡檢查無病變，也無系統性疾病的證據。腸易激綜合徵便祕型可能有出口功能障礙合併慢傳輸型便祕，多發生於年輕女性，以腹痛表現最為突出，其結腸傳輸時間可能與健康個體近似。由於該型與排空障礙常常同時並存，因此診斷以便祕為主的腸易激綜合徵時應注意與單純的排空障礙相鑑別。
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