聚焦超聲熱切除(熱消融)技術和聚焦超聲熱療技術有相似之處，即將低能量的超聲波進行聚焦，形成一個更高能量的焦點，對靶組織(通常為腫瘤組織)進行加熱來達到治療的目的。因此，兩者很容易混淆，特別是對非專業人士。實質上這兩者有本質性的差別，下面介紹他們的區別。
聚焦超聲熱切除的治療目的是將靶組織“熱切除”(熱消融)，通常靶組織的溫度大於或等於60C度。在病理學上所見靶組織是凝固性壞死，即靶組織蛋白凝固，是不可逆的熱損傷，可使靶區內所有細胞壞死。而聚焦超聲熱療是將靶組織加溫到42C度以上，50度以下，增加細胞對其它損傷因子(放療、化療等)的敏感性，即使延長加熱時間也不能完全殺死腫瘤細胞。因此，從臨床應用上來看，聚焦超聲熱切除可作為一種主要的區域性治療手段，努力獲得根治或腫瘤實質性破壞，可以單獨用於腫瘤的治療。而聚焦超聲熱療是化療和放療的增敏措施，即輔助治療手段，不能單獨應用，單獨應用的效果非常有限並有增加轉移的潛在可能性。
從技術層面來比較：目前利用熱來治療腫瘤的物理治療技術的最大難題是將足夠的熱劑量沉積在一定體積的靶組織內，使之加熱到足夠的溫度，主要是受腫瘤組織不均質性和血液灌注等因素的影響，即不同腫瘤或同一腫瘤不同的部位以及腫瘤的不同血液灌注對熱劑量沉積影響非常大，即使不同腫瘤或同一腫瘤不同的部位以及不同血液灌注的腫瘤加溫到相同的溫度所需要的熱劑量差異非常大，特別是加溫到60C度以上更是如此。因此，對聚焦超聲熱療所需要的技術含量低，而對聚焦超聲熱切除所需的技術含量非常高。換一句話來說，聚焦超聲熱療是聚焦超聲治療技術的初級階段，而聚焦超聲熱切除是聚焦超聲腫瘤最高形式，降低治療劑量後可成為聚焦超聲熱療。
從臨床應用的歷史來看：聚焦超聲熱療在1986年被美國FAD批准進入臨床，主要的研究人員是Kullervo
.Hynynen，目前已經從事聚焦超聲熱切除的研究。他研製的聚焦超聲熱切除裝置於2001年經FDA的批准進入臨床試驗，2003年獲准進入市場，成為了國外第一家進入臨床的聚焦超聲熱消融裝置。我國聚焦超聲熱消融，1997年進入臨床試驗，1999年SFDA批准進入市場。
從治療過程的監控來看：所有的熱消融治療(包括聚焦超聲熱切除)的實時監控影象有兩個目的：確定病灶的位置和引導治療以及控制熱劑量的沉積。控制熱劑量的沉積有兩種方法，一個是用MRI測溫來反映靶區的熱劑量，當靶區溫度達到60度或以上，提示靶區組織凝固性壞死;另一方法是利用超聲觀察靶區的灰度變化，當治療後靶區灰度增加達到一定的值，說明靶區組織凝固性壞死。而聚焦超聲熱療用超聲影象監控沒有靶區足夠的灰度變化，因此，沒有靶區灰度變化的聚焦超聲治療是聚焦超聲熱療，而不是聚焦超聲熱切除。
從隨訪影象來看：聚焦超聲熱療通常用非功能影象(如B超、平掃CT或MRI等)，根據靶腫瘤的體積變化來確定治療效果，並不強調靶腫瘤是否壞死，即這個靶腫瘤是否是活的。聚焦超聲消融治療必須根據功能影象(如超聲造影、增強CT或MRI以及放射核素顯像等)來靶腫瘤是否壞死以及其體積變化。在聚焦超聲熱切除後，功能影象能見到整塊的腫瘤組織壞死，而聚焦超聲熱療後，功能影象見不到整塊腫瘤組織壞死。
從治療的次數來看：聚焦超聲熱切除以一次性治療為主，而聚焦超聲熱療需要配合放療的多次輻照或化療的給藥時間而多次治療。通常是每1--7天進行1次治療，單獨用聚焦超聲熱療進行惡性腫瘤的治療是違反腫瘤治療原則的。
從臨床方案來看：聚焦超聲熱切除是：化療(1-5療程)+聚焦超聲熱切除+化療(3--6療程)或放射治療(45GY以下)+聚焦超聲熱切除+放射治療。聚焦超聲熱療：給化療藥+熱療+給藥+熱療……+給藥+熱療(一個療程化療藥的給藥天數決定治療次數)，放療+熱療+放療+熱療+……+放療+熱療(根據放療次數決定熱療治療次數)。
從適應症和禁忌症來看：聚焦超聲熱切除適用於實質性組織器官的實體腫瘤，禁用於含氣空腔器官腫瘤的治療。因為熱切除導致組織凝固性壞死，可能導致含氣空腔器官穿孔。而聚焦超聲熱療僅僅導致靶區組織細胞對其它治療的敏感性增加，伴有細胞的可逆性損傷，即損傷細胞可以修復，修復一方面可以避免含氣空腔器官的穿孔，另一方面是腫瘤細胞生長。因此，聚焦超聲熱療在用於含氣空腔器官腫瘤治療時，空腔器官穿孔的可能性相對比較小，但必須結合其它腫瘤治療手段(放療或化療等)，單獨的聚焦超聲熱療，即不結合化療和放療是有腫瘤播散的風險。
從臨床效果來看：由於聚焦超聲熱切除是導致腫瘤整塊的壞死，因此，可以對區域性的靶腫瘤進行區域性的“治癒”性治療，即區域性完全熱切除(區域性腫瘤塊的完全滅活)，相當於手術對區域性腫瘤的完全切除。根據腫瘤對其它治療的敏感性，結合或不結合其它腫瘤治療手段，達到對腫瘤“治癒”的目的。而聚焦超聲熱療僅是對放療或化療的增敏作用，很難對實質性組織器官的實體腫瘤達到“治癒”的目的，常常需要結合手術切除才有這樣的可能性。
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