關於抽動障礙的病因學研究目前還沒有取得一致性結論，目前有關抽動障礙的病因學研究主要集中在遺傳、神經解剖、神經生化及圍產期高危因素等方面。
由於抽動障礙可有家族聚集性，病兒家族成員中患抽動障礙者頗為多見，故有研究認為本症可能與遺傳因素有關。
多巴胺能、5-羥色胺能、去甲腎上腺素能、膽鹼能、γ-氨基丁酸(GABA)能及阿片系統等中樞神經遞質功能失調，可能與抽動障礙的發生有關。
A組鏈球菌感染、孕期吸菸、低出生體重、壓力等被認為是發生抽動障礙的危險因素。另外研究還表明出生有產傷、窒息等不利因素的孩子更容易患本病。抽動的產生和嚴重程度還與患兒目前軀體健康狀況、精神緊張、某些藥物和食物因素有關。一些研究認為免疫功能紊亂也可能是本病發生或加重的原因，一些患兒是因反覆上呼吸道感染或某些藥物和食物因素引起眨眼、吸鼻、面肌抽動。家庭生活事件如家庭不和、父母離婚、親人死亡、學習負擔過重等社會心理因素也可使症狀加重;某些藥物如中樞神經興奮劑、抗精神病藥，刺激性食物等也可誘發抽動或加重抽動症狀，如一些輕微抽動障礙伴有注意缺陷多動障礙的患兒在服用興奮劑之後可出現抽動-穢語綜合徵。
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