據統計，不孕症治療懷孕的婦女，自然流產發生率高達24％-28％。這是因為這些婦女往往存在子宮的疾病，以及卵巢的內分泌功能不全。子宮是胚胎著床、生長髮育的場所，而胚胎的早期發育又離不開卵巢妊娠黃體與孕激素的支援，如果這兩個環節出現故障，或存在免疫性不孕的因素，就會發生懷孕後流產的可能。例如：縱隔子宮切開術後、雙角子宮矯治術後、子宮肌瘤剝除、宮腔粘連分離術後、子宮內膜炎治療後，均可因為子宮解剖形態的改變或宮腔內膜不同程度的病變，使子宮腔與內膜不能滿足胎盤生長髮育的需要，以致胚胎枯萎死亡而流產。又如卵巢內分泌紊亂，排卵有障礙，多囊卵巢，子宮內膜異位症經治療後懷孕的婦女，仍可因為卵巢的黃體功能不足，得不到足量的孕激素作用，胎盤功能減退而致流產。還有一些不孕症治療懷孕後，如發生母子血型不合，也可發生流產。
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