尖銳溼疣由HPV感染引起，該病復發的原因很多，主要有一下幾種：
1、HPV亞臨床感染和潛伏感染：前者是指臨床不已辨認的皮損，需要藉助醋酸白等輔助手段才可能觀察到，其組織學和細胞學都有典型HPV感染的改變;後者是指HPV感染面板後不引起任何臨床症狀，醋酸白實驗(-)，細胞學和組織學檢查都正常，但通過PCR等方法可以檢測到病毒的感染。這兩種感染常規治療很難被徹底清除，在機體免疫力下降等條件下會發展成為肉眼可見皮損，是復發的主要原因。
2、機體免疫力低下。
3、病毒載量：熒光定量PCR檢測發現，復發的尖銳溼疣患者感染區域性病毒複製量較高。
4、伴發其它性傳播疾病。
5、再次的感染接觸：再次的高危性行為和與未經治療的感染性伴接觸也可以引起復發。
6、男性包皮過長。
7、心理因素：絕大多數患者可有抑鬱焦慮等心理障礙，患者的不良情緒可引起機體細胞免疫功能下降，使病毒複製增加。部分患者採取不正確的過度清潔手段，反而導致區域性面板黏膜屏障的破壞，容易引起復發。
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