影響結石形成的因素很多，年齡、性別、種族、遺傳、環境因素、飲食習慣和職業對結石的形成影響很大。身體的代謝異常、尿路的梗阻、感染、異物和藥物的使用是結石形成的常見病因。重視這些問題，能夠減少結石的形成和復發。
(一)代謝異常
1、尿液酸鹼度。
2、高鈣血癥引起高鈣血癥的常見疾病包括甲狀旁腺機能亢進、乳一鹼綜合徵、結節病或類肉瘤病、維生素D中毒、惡性腫瘤、皮質醇增多、甲狀腺功能亢進、嗜鉻細胞瘤，腎上腺功能不全、服用噻嗪類利尿劑、急性腎小管壞死恢復期、多發性骨髓瘤、甲狀腺功能低下和維生素A中毒等。
3、高鈣尿症原發性高鈣尿症分3型：吸收性高鈣尿症、腎性高鈣尿症和重吸收性高鈣尿症。此外，一些病因明確的代謝性疾病也能引起繼發性高鈣尿症及尿路含鈣結石的形成，例如遠端腎小管性酸中毒、結節病、長期臥床、骨Page-t病、糖皮質激素過多、甲狀腺功能亢進和維生素D中毒等。其中，大約0、5％～3％的尿路含鈣結石患者伴有遠端腎小管性酸中毒的存在。
4、高草酸尿症原發性高草酸尿症[I型為乙醇酸尿症(glycolicaciduria)，Ⅱ型為甘油酸尿症(glycericaciduria)]很少見。繼發性高草酸尿症的原因包括VitC的過量攝入、飲食中草酸及其前體物質的過量攝入、飲食中鈣的攝入減少、腸源性高草酸尿症和VitB6缺乏等。
尿草酸增加的常見原因是腸源性草酸及其前體物的吸收增加。另一方面，小腸切除或短路手術後、脂肪痢或Crohn病時也可以出現與膽酸代謝紊亂和水分丟失過多有關的高草酸尿症。此外，有人認為高草酸尿症患者的腸道內嗜草酸桿菌(O、formigenes)數量減少。
5、高尿酸尿症。
6、胱氨酸尿症。
7、低枸櫞酸尿症。
8、低鎂尿症。
(二)區域性病因
尿路梗阻、感染和尿路中存在異物是誘發結石形成的主要區域性因素，梗阻可以導致感染和結石形成，而結石本身也是尿路中的異物，後者會加重梗阻與感染的程度。臨床上容易引起尿路結石形成的梗阻性疾病包括機械性梗阻和動力性梗阻兩大類。
其中，腎盂輸尿管連線部狹窄、膀胱頸部狹窄、海綿腎、腎輸尿管畸形、輸尿管口膨出、腎囊腫、腎盞憩室和馬蹄腎等是常見的機械梗阻性疾病。此外，腎內型腎盂及腎盞頸狹窄可以引起尿液滯留，從而誘發腎結石的形成。神經源性膀胱和先天性巨輸尿管則屬於動力梗阻性疾病，後兩者同樣可以造成尿液的滯留，促進結石的形成。
(三)藥物相關因素
藥物引起的腎結石佔所有結石的1％～2％，分為2大類：一類為尿液的濃度高而溶解度比較低的藥物，包括氨苯蝶啶(triamterene)、治療HIV感染的藥物(如茚地那韋indinaVir)、矽酸鎂和磺胺類藥物等，這些藥物本身就是結石的成分。另一類為能夠誘發結石形成的藥物，包括乙醯唑胺，VitD、VitC和皮質激素等，這些藥物在代謝的過程中導致了其他成分結石的形成。
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