在人類與疾病的長期鬥爭中，抗生素的確為人類健康做出了一定的貢獻，但是，過分依賴抗生素，把抗生素當成救世良藥的觀點和做法是極其片面和不正確的。
民間有句話叫“是藥三分毒。”無論何種藥物，都是一把雙刃劍，在治病的同時也可以致病，既可以驅除“病邪”也可以損害機體。抗生素也同樣不能例外。中國中醫科學研究院陸廣莘教授指出：“抗生素猶如人體的‘農藥’。”
這是一個非常確切的比喻。他同時指出：“任何外源性的替代和補充，都對生命健康具有不利影響。”抗生素的廣泛、大量、長期應用，“農藥”效應也完全顯現了出來，
其缺陷和危害有如下：
一、病原體的快速變異：由於抗生素進入人體後，不論其作用機理如何，其結果都是殺死病原體或者是抑制它的繁殖，為了不斷提高臨床療效，抗生素的更新也在不斷的進行中。在與病原體的較量中，最終的結局是導致病原體的變異，抗生素品種的不斷快速更新和增加，病原體也隨之快速地變異。目前疾病譜的不斷增加就是長期應用抗生素導致病原體變異的結果。
二、耐藥菌株的增加：由於抗生素的長期、大量、廣泛地用於臨床，導致病原體對抗生素的敏感性明顯降低或者失去敏感性。在對住院病人進行的細菌敏感試驗中，經常能看到一些不動菌，什麼抗生素對這些細菌都失去作用，這也是由於抗生素導致病原體變異形成的後果，目前耐藥菌株有不斷增加的趨勢，給臨床治療造成了新的困難。
三、人類痛苦增加：為了對付耐藥菌，不得不研製新的抗生素，目前抗生素的種類之多，發展之快出乎人的預料。這種花費大量的人力物力與病原體的較量的結局是人類的慘敗，人類的負擔加重、痛苦增加，受傷的最終還是人。首先是醫療成本的增加，其次是人體機能的受損，精神和肉體受到雙重摺磨。
四、不能產生免疫物質而且抑制機體免疫機能：抗生素抑制機體免疫機能的機制主要是：
1、抑制和破壞免疫細胞的增殖和功能;
2、抑制免疫物質的產生和干擾其活性;它的這些破壞作用是從兩個方面實現的：一是對免疫系統的直接損害;二是使人體失去產生免疫物質的機會。免疫物質是人體在與微生物相互鬥爭的過程中形成的，是人體抵抗力的重要體現，有了某種免疫物質也就意味著具有了抵抗某種病原體的特殊能力。
人的健康就是這樣在長期與病原體的不斷鬥爭中獲得和保持的。免疫物質是病原體和人體組織持續作用的結晶，需要經過一定的過程和時間才能產生。當人體受到外來異物刺激後，免疫細胞會大量增殖、趨化，然後將其包裹、吞噬、消化、分解，最後排出體外，通過這樣一個抵抗外來異物的完整過程，機體就自動產生了免疫物質。
抗生素使病原體很快被破壞或者變異，組織細胞不能和病原體持續作用，也就失去了產生免疫物質的條件和機會，機體的免疫系統也不能對其識別而不能及時產生相應抗體，從而使機體免疫力下降。
五、不能清除已經被殺死的病原體：人體具有抵抗、清除外來異物的天然能力，這種能力是人類長期進化的結果。外界異物進入人體後，人體會產生出許多具有吞噬能力的免疫細胞，通過對異物的吞噬、消化、分解，最終將其排出體外。
抗生素雖然具有殺滅部分病原體的能力，但沒有清除能力，抗生素不能作用的病原體，及其被殺滅後形成的碎片、釋放出來的毒物，仍然需要依靠機體的自身作用將其排出。
六、損害組織器官：抗生素對人體組織的損害非常明顯，主要有兩個方面：一是病原體破壞後產生的碎片和釋放的毒物對人體組織的損害作用;人體自身抵抗病原體是將其完整吞噬，並在細胞內進行分解，不會造成對組織細胞的損害。而抗生素作用後的這些碎片和毒物則是存在於細胞外，直接與組織器官相接觸而造成損害。
同時，隨病原體不斷地被破壞，組織間隙內的毒物也不斷增加，並不斷地被吸收入血而造成毒血癥。
二是抗生素自身對機體組織造成的直接損害;所有的抗生素都對人體有明顯地毒害作用，可以對多個器官造成損害，最容易受到抗生素損害的器官是腎臟、肺臟、肝臟，還有對神經系統、造血系統、消化系統的毒害作用在臨床上也是屢見不鮮的，曾有資料顯示，有相當一部分重症患者在入院前就已經造成腎功不全、呼功不全、肝功不全，追其病史，均與使用抗生素有關。
七、菌群失調：祖國醫學認為：人作為一個有機整體，是天地合一的產物，與自然界保持著一種對立統一的關係。人體與自然界、人體與其他生物、人體自身各系統之間保持著相互依存、相互制約的平衡和諧關係，這些正常的平衡和諧關係一旦被打破，就導致疾病的發生。
現代醫學認為：人體的一些與外界相通的腔道內，存在有大量的各種微生物，這些微生物長期生存於人體內，它們之間、它們與人體之間經過長期的進化，已經形成一種彼此共生、共存的統一整體，如果某一部分的力量失衡，疾病就會不可避免地發生。抗生素就是破壞這種平衡的罪魁禍首，常常會造成人體內的菌群失調而出現很多的併發症，這種現象在臨床上枚不勝舉。
另外，抗生素不能殺滅所有的病原體，例如對芽孢、病毒等，而且也不能修復被破壞的機體組織。
綜上所述，很顯然，人體從發病到恢復健康，起決定因素的根本不是抗生素，而是人體自身的恢復能力，抗生素只能起到輔助作用，起不到根本性的決定作用。因此，我們對抗生素要有客觀的認識，要把健康的維護立足在機體的抵抗力培養上，以及祖國醫學對健康維護的觀點上，不能動輒就依賴抗生素等外來物質。
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