葡萄膜炎的種類繁多、治療棘手。每種型別的臨床表現、進展規律和治療所用藥物、療程以及給藥方法都不盡相同，醫生需根據患者的具體情況制定出適合患者的個體化治療方案。對於前部葡萄膜炎，即虹膜炎或虹膜睫狀體炎，常用區域性激素、非甾體類消炎藥和散瞳劑點眼的方法治療；對於後部葡萄膜炎，多數則需要根據葡萄膜炎型別採用口服藥物治療，對於自身免疫性的葡萄膜炎，需要口服激素和免疫抑制劑進行治療。此外特殊情況下可能還需要區域性眼周激素注射。有很多型別的葡萄膜炎需要長期治療，治療過程不能隨意停藥，否則會前功盡棄，且導致病情加重。即使在治療過程中，葡萄膜炎仍有可能會出現復發或加重。因此，患者需要了解治療此類疾病的複雜性、艱鉅性和長期性，要有足夠的耐心和信心，積極配合醫生治療，定期複診，才能獲得較好的治療效果。
由於傳統激素和免疫抑制劑治療會給全身帶來較多的副作用，很多患者難以堅持治療，導致疾病遷延不愈，而且還有一些患者即使用藥量較大病情也難以控制。目前新型治療方法包括生物製劑、玻璃體藥物（包括激素緩釋藥物和雷帕黴素玻璃體注射藥物）以及間充質幹細胞治療，有望克服傳統治療方法的副作用，為葡萄膜炎治療提供可供選擇的新方法。
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