在免疫學意義上，B淋巴細胞是扁桃體和腺樣體主要的器官細胞。 B 淋巴細胞佔所有扁桃體淋巴細胞的60％， T淋巴細胞構成其餘的 40％。免疫反應性淋巴細胞或淋巴樣細胞分佈在腺樣體和扁桃體內4個不同的區域，即Reticular cell epithelium，Extra follicular areas， Mantle zone和 Germinal centre of follicles。
腺樣體和扁桃體參與誘導分泌免疫(secretory immunity)。在調節分泌免疫球蛋白過程中發揮了至關重要的作用。這在嬰幼兒免疫成熟前期具有特殊的意義。扁桃體和腺樣體在抗原攝取作用的過程或多或少類似於腸上皮細胞的派爾氏結(Payer's patche――在黏膜免疫應答中具有非常重要作用的腸相關淋巴組織)。
事實上，扁桃體特別重要的功能之一是直接運送外源性物質給淋巴樣細胞，同樣扁桃體隱窩在這個機制中發揮著至關重要的作用。這些隱窩不僅增加了扁桃體的表面積，它還傳輸抗原至淋巴濾泡。
人類扁桃體免疫最活躍的年齡在 4-10 歲之間，病理狀態下(病毒感染、抗菌素使用導致的菌群失調和過敏)免疫活躍可更早至嬰幼兒期，即1歲之前至3歲的免疫成熟前期。青春期之後，扁桃體內的淋巴細胞比率( T:B 細胞)下降。 長期反覆的扁桃體炎和腺樣體炎的患者，其扁桃體和腺樣體表面的上皮細胞炎症導致免疫活性細胞脫落和抗原呈遞作用下降，最終被分層鱗狀上皮細胞替代。這些變化轉而導致區域性的B細胞系統活性減低，最終使B細胞產生的抗體減少。肥大的腺樣體隨年齡增加，開始萎縮。
與複發性扁桃體炎相反，這些變化在腺樣體肥大中並不明顯，而且腺樣體中的免疫調節功能仍然完好無損。腺樣體和扁桃體作為重要的免疫器官，從屬於整個消化道黏膜免疫系統。
新近的研究顯示了腺樣體在持續免疫應答中的作用和肥大受病毒感染、過敏和包括環境因素在內的影響。
綜上所述，腺樣體肥大早期積極正確治療是可以降低手術率的。任何免疫刺激或增強藥物的使用還缺少科學依據。
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