兒童由於特殊的生理時期，當發生顱腦疾病時，做輔助檢查常常比成人來得繁瑣，而且家長往往擔心各種輔助檢查對孩子有負面影響，故而常有顧慮。
小兒神經系統的輔助檢查內容很多，如腦電圖、肌電圖、腦幹誘發電位、顱腦超聲、X線平片、CT、MRI、核素掃描以及腦脊液檢查等，這裡僅簡單介紹幾種。
一、腦脊液檢查。
通過腰椎穿刺取得腦脊液標本進行常規檢查、細胞學、病原學、酶學、免疫球蛋白、乳酸鹽、C反應蛋白檢查等，對神經系統疾病特別是神經系統感染有重要診斷和鑑別診斷意義。 該項檢查由專業的小兒神經外科醫生進行操作，對兒童無明顯影響。
二、腦電圖
小兒腦電圖正常與異常的標準，與成人相比都有較大差異，且描記的技術要求要高。腦電圖檢查對許多功能性疾病和器質性疾病都有一定的診斷價值，特別是對癲癇的診斷和分型意義更大。常見的癇性放電波包括棘波、尖波、棘慢綜合波、尖慢綜合、多棘慢綜合波以及陣發性或暴發性慢節律等。
腦電圖檢查技術包括常規腦電圖、動態腦電圖和錄影腦電監測等。動態腦電圖可以連續記錄24小時以上，增加陽性率;同時根據病兒家屬記錄的病兒發作情況和時間，可以找出臨床發作與腦電圖的關係，以利診斷。視訊腦電圖監測不僅可監測到腦電圖，而且還可同時看到病兒的發作情況，為排除非癲癇性發作，確定癲癇的診斷及型別，提供準確而可靠的依據。
三、CT檢查
計算機X線體層成像檢查方便、迅速、安全、無痛苦，適應各年齡組小兒，家長往往擔心放射線對兒童有影響，這點可以不用擔心，現在的裝置很先進，用於檢查的放射線量極小。CT掃描的方法很多，如普通掃描、增強掃描、定位掃描、薄層掃描、重疊掃描、雙電壓掃描等。
在CT的整個檢查過程中，患兒必須保持不動，否則會產生運動偽影，或根本無法檢查，因此檢查不合作的嬰幼兒應於檢查前給予適量鎮靜藥物。在增強掃描時，應在檢查前一天做碘過敏試驗，或用非離子型碘水造影劑，以防各種不良反應。
CT可以顯示不同層面腦組織、腦室、腦池等結構的形態，廣泛用於小兒神經系統疾病的診斷，但對腦組織的解析度不如MRI高，且對顱後窩、脊髓等部位疾病的診斷還有不足之處。CT在小兒神經系統疾病的主要適應證是：
1、先天性腦發育異常：如無腦畸形、空洞腦、腦裂畸形、腦回發育不全、胼胝體發育不全、Dandy-Walker綜合徵、結節性硬化等;
2、先天性或後天性，交通性或阻塞性腦積水;
3、顱內感染：能及時發現顱內感染引起的低密度、腦軟化、腦萎縮、硬膜下積液、腦積水等;
4、缺氧缺血性腦病(HIE);
5、腦血管病：如腦梗死、顱內出血、腦血管畸形、煙霧病等;
6、顱內佔位病變：如顱內腫瘤、膿腫、腦囊蟲病等;
7、顱腦外傷;
8、腦變性疾病：如各種腦白質營養不良;
9、其他：如各種原因引起的顱內鈣化、脫髓鞘、腦組織壞死等。
四、磁共振檢查磁共振成像
是根據物理學中核磁共振現象的原理而發展起來的一種新的檢查方法。其優點是解析度高、無放射線、不被骨質所阻擋，對顱後窩病變、中線結構病變、脊髓病變等都能顯示清晰，能夠清楚的分辨灰質、白質。不足之處是成像速度慢，易漏診腦內鈣化灶等。MRI能顯示大多數病變及其組織學特徵，但仍有部分病變互相重疊或不能確定，需做增強掃描。此外顱內磁共振血管造影(MRA)對血管病變有較大的診斷價值。
五、數字減影血管造影
這是通過計算機程式把血管造影片上的骨與軟組織影消除，僅突出血管的一種新的攝影技術。主要用於腦血管疾病(如腦動脈炎、腦梗死、腦血管畸形等)的診斷，也可用於顱內佔位性疾病的診斷。
六、放射性核素發射體層成像(ECT)
這是在核醫學的示蹤技術和計算機斷層基礎上發展起來的醫學檢查手段。ECT根據探測放射性示蹤劑所用的種類，又分為單光子發射體層成像(SPECT)與正電子發射體層成像(PET)兩種。
SPECT掃描主要是通過測定放射性示蹤劑的吸收或滯留，定量或半定量評價大腦血流改變及代謝狀況的一種放射成像方法。PET掃描主要通過測定能發射正電子的示蹤劑在組織內的分佈情況，用來定量測定區域性腦葡萄糖代謝、區域性腦氧代謝和區域性腦血流。二者在癲癇病灶的定位診斷中有重要意義，而且對小兒神經系統其他疾病的診斷和病理生理研究也有重要價值。
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