無論何種原因引起的高壓性腦積水，都必須及時治療。藥物治療主要是減少腦脊液分泌和增加機體水分排出。值得注意的是，藥物治療主要用於輕型病人以及作為術前的臨時用藥。腦積水的治療應以手術為主。手術可分為病因治療、減少腦脊液生成及腦脊液分流術三種。發現腦積水後應儘早手術，晚期因大腦皮質萎縮或出現嚴重神經功能障礙，手術效果較差。
在80年代以前，對腦積水的治療是一個非常棘手的問題，腦積水的患者有著極高的死亡率及致殘率，早期的分流手術，也有極高的併發症。近些年來，隨著科技的發展，對腦積水的治療出現了許多的新方法，不同機理分流閥門的出現，神經內鏡技術的發展，許多患者通過有效的治療得到痊癒，並恢復正常生活和工作。
一、病因治療
病因治療應成為治療腦積水的首選方法。對阻塞性腦積水來說，解除梗阻是最理想的方法。如室間孔穿通術、導水管重建術、第四腦室囊腫造瘻術、腦室內腫瘤切除術、第三腦室底造瘻術、枕大孔減壓術等。採用病因治療方法，手術一旦成功，患者可以終生受益。
近年來，神經內鏡下的室間孔穿通術、神經內鏡下導水管重建術、神經內鏡下第三腦室底造瘻術等方法進行腦積水治療，已成為腦積水治療最有效、最安全的微創方法，手術的併發症小於5％，是目前在國內唯一、世界上少數幾個能夠開展導水管成形及支架植入術治療梗阻性腦積水的單位。
二、減少腦脊液形成
如採用脈絡叢切除或電灼術。主要用於交通性腦積水，特別在分流手術失敗或不適合進行分流的患者。目前在內鏡下進行電灼，可以明顯減少手術併發症的發生。
三、腦脊液分流術
早期為了治療腦積水，人們採取了各種各樣的分流手術，包括腦室與腦池分流，如：側腦室與枕大池分流術。腦室體腔分流，如：腦室(或腦池)腹腔分流術，腦室胸腔分流術等。將腦脊液引出體外，如側腦室鼓室分流術。腦室與輸尿管分流術等。將腦脊液引入心血管系統上，如腦室心房分流術，腦室頸內靜脈分流術等。
上述腦脊液分流術式中許多因療效差，或易導致較多併發症現已淘汰。目前常用的分流術為腦室腹腔分流等。但目前困擾分流手術效果的主要是併發症。
併發症包括：
1、分流系統堵塞：最為多見，一般在50～70％左右。
2、感染：發生率為7～10％，在兒童中更高達30％以上。主要為腦室炎或腹膜炎。
3、分流過度或不足：腦脊液分流不足病人術後症狀不改善，檢查發現腦室擴大仍然存在或改變不明顯。主要原因是使用的分流管閥門壓力不適當，導致腦脊液排出不暢。
4、裂腦室綜合徵：通常指分流手術後數年出現顱內壓增高的症狀，如頭痛、噁心、嘔吐及共濟失調、反應遲鈍、昏睡等。但CT掃描卻發現腦室形態小於正常，檢查閥門通常按下後再衝盈緩慢，提示分流管腦室端阻塞。發病機制是由於長期腦脊液過度引流所致。
5、其它併發症：癲癇。約5％；腦室端管的併發症。如視神經損傷等；腹腔端管的併發症。包括分流管移位、斷裂、臟器穿孔、腸梗阻、腹部積液等。
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