1、特發性（真性、中樞性）性早熟兒童，最主要的危害就是由於生長期過短，可能造成成年身高較矮。由於青春期過早起動，體格增長過早加速，骨骺融合提前，生長期縮短，生長早期停止。致使最終的成人身高低於按正常青春期發育的同齡兒童身高。以女孩為例：正常女孩整個青春期生長幅度大約20-25CM，正常女孩在10左右，身高達到或接近140CM時開始發育，成年身高可能達到或接近160-165CM ，如果真性性早熟兒童，身高在130CM左右時就開始發育，則成年身高很可能只有150-155CM。
2、性早熟兒童雖性徵發育提前，但心理、智力發育水平仍為實際年齡水平，過早的性徵出現和生殖器官發育會導致未成熟孩子心理障礙，女孩初潮過早，也給生活帶來諸多不便，嚴重者甚至影響讀書學習。
3、過早的性成熟，而自我保護能力不足，也可能更容易受傷害，墨西哥曾有5歲媽媽的報道。
4、有些性早熟是由於體內出現腫瘤，這些腫瘤能分泌類似性激素的物質，有時候在腫瘤還較小時，它分泌的性激素的量已經很大，足以引起性發育，所以有性早熟的患兒一定要及時看醫生，及早進行診治。
5、目前已有報道，性早熟兒童，成年後乳腺、子宮內膜、卵巢等雌激素敏感的靶器官的腫瘤發生率增加，可能與個體對雌激素的高敏感性有關。女孩初潮過早，將來更年期是否也有可能稍早？不論男孩還是女孩，如果兒童期成熟過早，成年後是否有可能早衰？都是值得考慮的問題。
6、近年來國內、外還有一些調查研究提示，性早熟還可能造成一些其他影響。如暴力傾向、逃學現象、學習成績下降、少年期或成年犯罪率、成年後的工作成就、成年後的家庭穩定性等方面，與正常發育兒童可能存在一定差異。
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