尖銳溼疣的治療主要是外用療法去除已生長出的溼疣病變。目前，治療尖銳溼疣的外用療法有鐳射療法、藥物療法、冷凍療法、微波療法、光動力療法和手術療法等，但應用較多的是鐳射療法和外用藥物療法。這些療法的合理選擇要根據患者的身體狀況和病變情況、尤其是病變情況而定，如病變發生的部位以及病變範圍、型別與大小等。
1、外用藥物療法：這類藥物具有抗病毒和/或提高區域性抗力作用，藥物應用安全，對患者的痛苦小，多數療效好。該療法適用於各部位及各種型別的疣體，但對帶蒂狀疣體療效差，對明顯肥厚或巨大的疣體需要反覆或長療程用藥。
2、鐳射療法：該療法能快速去除溼疣病變，適用於發生於外生殖器或肛周等部位面板或黏膜上的顆粒狀或菜花狀單個疣體以及發生於尿道口、陰道口、陰道壁或宮頸部位的單個疣體，單個大菜花狀帶蒂狀疣體也多選擇鐳射療法。該療法不適用於大面積疣體或反覆治療尿道口和肛門內病變，否則易產生尿道口或肛門粘連與狹窄，導致排尿或排便困難。鐳射療法對患者會產生一定痛苦，尤其是大面積病變治療後易感染、傷口癒合緩慢、預後遺留疤痕或某些生理部位的缺陷等。
3、冷凍療法：該療法通過低溫破壞溼疣病變，適用於片狀疣體。冷凍療法時有疼痛，治療過度會引起明顯紅腫、壞死、潰瘍或感染。
4、光動力療法：該療法多用於較侷限、較小疣體或在鐳射等療法先去除疣體後作為一種預防複發性治療。該療法安全性較好，但光照時區域性有灼熱或疼痛感，有些可引起區域性水腫，每次治療時間較長，治療費用也較高。
5、微波療法：該療法如同鐳射療法是直接將溼疣病變去除，在臨床上選用較少。
6、手術療法：該療法僅用於單個基底較小(帶蒂)的溼疣病變。由於手術療法易造成對醫療器械等汙染，且操作較複雜，目前已基本不用。
此外，患者的身體狀況在合理選擇以上療法時應加註意。通常，對患有免疫性疾病如紅斑性狼瘡等患者，或患有噁心腫瘤在進行放療/化療者，應儘可能選擇外用藥物療法，因鐳射等損傷性療法後易發生感染以及傷口癒合困難。
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