對於藥物治療後仍頻繁發作的癲癇患者，應進行充分的術前評估後考慮手術治療，目前的手術方式大致分為如下三類：
1、直接切除致癇灶
根據視訊腦電圖及影像學表現，直接切除病變及致癇灶，往往能收到很好的治療效果，甚至徹底治癒，不再服藥。包括裁剪式切除，腦葉切除，選擇性海馬杏仁核切除術，如病變涉及整個半球可行半球切除。
2、阻斷癲癇放電傳播通路的手術
這是一種姑息性手術，適用於致癇灶不明確，或致癇灶位於功能區不可切除的患者，手術效果較差，包括胼胝體切開和多處軟膜下橫切術。
3、毀損和刺激手術
包括迷走神經電刺激或腦深部核團電刺激，立體定向海馬杏仁毀損等，這類手術也屬姑息性手術，能緩解患者的發作次數及嚴重性，極少的患者也能取得治癒的效果，但治療的費用昂貴。
預後
總的來說癲癇治癒率在50―70％，絕大多數的患者可以獲得癲癇發作的明顯減少，只有少數患者無效。
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