目前癲癇外科的手術方式主要有
1、切除性手術，即將引起癲癇的致癇灶切除，這是最理想的手術方式，但前提是能夠發現明確致癇灶，且致癇灶位於腦部不重要的部位，切除後不引起功能障礙。常見的有選擇性海馬杏仁核切除術、前顳葉切除術、病灶切除術等。
2、姑息性手術，包括胼胝體切開術、多處軟膜下橫斷術，這些手術目的在於阻斷癲癇放電向外傳導的神經通路，減輕發作程度或致殘性發作型別。比如一例患者有多種癲癇發作型別，其中一個型別易致跌倒摔傷，為減輕跌倒性的發作，可選擇胼胝體切開術。原理在於，人大腦包括左右兩側大腦半球，兩側大腦半球不斷相互交換資訊協同工作，其資訊交流的主渠道即是連線兩大腦半球的電纜樣結構―胼胝體，切斷部分胼胝體可以中斷癲癇性放電從一側半球向另一側半球的傳導。從理論上講，胼胝體切開只能減輕發作而不會治癒癲癇，但奇妙的是胼胝體切開術後約有5％的患者癲癇發作完全中止。
3、特殊型別手術：迷走神經刺激術，主要適用於藥物治療效果不佳又不適合手術的患者。通過刺激迷走神經可能在腦不同部位或水平發揮整合作用，降低大腦皮層的興奮性，減低癲癇發作的頻率。總體有效率約50％。
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