妊娠期用藥不當可能會對胎兒產生影響，據世界衛生組織估計，90％以上的孕婦在孕期都服用過各種處方藥物、非處方藥物或違禁藥品。在有出生缺陷的患兒中，由藥物引起的佔2％～3％，其餘則大多數由遺傳因素、環境因素等導致。妊娠期用藥應該慎重。 孕婦和胎兒通過胎盤實現物質交換，大多數藥物均能經胎盤進入胎兒體內，尤其是一些脂溶性大、小分子的藥物更易經胎盤轉運入胎兒體內,藥物還可以通過胎兒吞噬羊水自胃腸少量吸收。另外由於胎兒的肝臟發育不完善,藥物代謝酶缺乏,對藥物的解毒能力較低,胎兒的腎小球濾過率低,藥物及降解產物排洩延緩，所以藥物易在胎兒體內蓄積。所以藥物易對胎兒造成影響。
藥物對胎兒的影響取決於用藥時胎兒所處的發育階段，不同時間用藥產生的後果是不同的：
1)受精前到妊娠第4週末：在此期間藥物對胚胎的影響是“全”或“無”的。“全”即有害藥物可全部或部分破壞胚胎細胞，致使胚胎早期死亡，導致流產;“無”即有害藥物並未損害胚胎或僅損害少量細胞，但此期的細胞具有多向分化能力，可以補償、修復損害的細胞，胚胎仍可繼續發育，不出現異常。故此期屬於用藥的安全期，如果藥物確實對受精率造成影響，會在著床前自然淘汰。
2)妊娠第4周到第9周：此期間是胎兒的重要器官，如中樞神經系統、心臟、眼睛、四肢等開始形成的時期，也是對藥物最為敏感的時期，胎兒極易受藥物等外界因素影響而導致畸形。
3)妊娠第10周到分娩：這一時期是胎兒生長及功能完善的階段，但是神經系統、生殖系統仍在繼續分化。當受到有害藥物作用後，可能造成胎兒宮內發育遲緩(FGR)、低出生體重、功能行為異常、早產等。
由於妊娠期用藥不當可能會造成嚴重後果，所以應遵循以下原則用藥：
1)用藥時必須注意孕周大小，在孕初3個月要慎之又慎，能夠不用或可停用的藥物應不用或停用，可用可不用的藥物應儘量不用，可以推遲治療的則推遲治療，不得不用時應儘量採用對藥物代謝有清楚說明的藥物。
2)根據藥物可能對胎兒影響程度不同，選擇對胎兒影響最小的藥物，能單獨用藥治療的避免聯合用藥。
3)用藥時應嚴格掌握劑量及持續時間，儘可能使用最低有效劑量，用藥時間儘可能短，分娩時用藥應考慮對新生兒的影響。
4)當孕婦病情確需對胎兒有影響的藥物時，應充分權衡利弊後使用，根據病情隨時調整用量，及時停藥。
為了保證妊娠期的用藥安全、合理，不少國家都有自己的用藥參考標準及妊娠期安全用藥評價方法，實行妊娠期用藥分級制度。目前我國西藥的臨床使用參照美國FDA妊娠期用藥安全性分級。依據動物試驗和臨床試驗的結果，評價藥物對人體的安全性，分級標準為：
A級：已證實此類藥物對人胎兒無不良影響。只有極少數藥物屬於此類，如甲狀腺素、葉酸、維生素等;
B級：動物實驗證明無害，但在人類中尚無充分證據。臨床中常用的抗生素大多屬於B級藥物;
C級：動物實驗證明對動物胚胎有害，在人類尚無有關研究。如常用的抗結核藥，本類藥物僅在權衡對胎兒的利大於弊時可用;
D級：有對胎兒危害的明確證據。如氨基糖苷類，四環素類，大劑量的維生素類等。儘管有危害性，但孕婦用藥後絕對有好處，如孕婦有嚴重疾病或受到死亡威脅時可考慮應用。
X級：動物或人類的研究均表明可使胎兒異常，本類藥物禁用於妊娠或將妊娠的患者。如抗病毒藥三氮唑核苷等。在藥物說明書中均列有藥物分級，某些藥物還有兩個不同危險度等級，一個是常用劑量的等級，另一個是超常劑量的等級，在應用時可進行參考。
中藥的妊娠期用藥同樣需要格外謹慎，應用主要依據我國古代醫學對妊娠期用藥危險性的認識，但在歷代重要醫藥文獻所記載的妊娠禁忌藥中，不同文獻記載多有不同。主要應禁用烏頭、附子、巴豆、芫花、大戟、水蛭、虻蟲、蜈蚣、雄黃、雌黃、牽牛子、麝香等。
孕前3月開始進行孕前檢查及生活方式調整，其中包括儘量避免CDX 級藥物的使用。
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