男性不育症是由多種疾病和/或因素造成的結果，通常根據疾病和因素干擾或影響生殖環節的不同，分為睪丸前、睪丸和睪丸後三個環節。
睪丸前因素：
男性不育的內分泌性病因，該類患者生育功能的損害系繼發於體內激素的失衡。
1、丘腦疾病
（1）促性腺激素缺乏
（2）選擇性黃體生成素（LH）缺乏症
（3）選擇性卵泡刺激素（FSH）缺乏症
（4）先天性低促性腺激素綜合症
2、垂體疾病
（1）垂體功能不足
（2）高泌乳素血癥
3、內源性或外源性激素異常
（1）雌激素和（或）雄激素過多
（2）糖皮質激素過多
（3）甲狀腺功能亢進或減退，甲狀腺功能異常約佔男性不育原因的0.5％。
二、睪丸性因素
（一）先天性異常
1、染色體或基因異常
2、隱睪
3、雄激素功能障礙，主要為雄激素不敏感綜合症，和外周雄激素抵抗，前者主要為雄激素訊號傳導過程中某一環節出現異常，後者包括主要有：5α-還原酶缺乏（5α-reductases deficiency）和雄激素受體異常（abnormal androgen receptor）。
4、其他比較少見的綜合症：肌強直性營養不良、無睪丸症、唯支援細胞綜合症等。
（二）生殖腺毒素（gonad-toxin）
常見的有射線、藥物、食物、生活和工作環境因素等。
（三）全身性疾病
常引起不育的系統型疾病有腎功能衰竭尿毒症、肝硬化與肝功能不全、鐮形細胞病等。
（四）感染（睪丸炎）
青春期後的流行性腮腺炎30％合併睪丸炎，常為單側，雙側發病率為10％～30％，睪丸萎縮是病毒性睪丸炎最常見的嚴重後果，但它較少見於細菌感染。
（五）睪丸創傷和手術
睪丸容易受傷，除導致睪丸萎縮外，還可激發異常免疫反應，兩者均可導致不育；睪丸血管、輸精管道的醫源性損傷也會導致不育。另外睪丸血管性、睪丸扭轉、免疫性因素等都可以引起不育。
三、睪丸後因素
（一）輸精管道梗阻
輸精管道梗阻是男性不育的重要病因之一，梗阻性無精子症在男性不育患者中約7％～10％。（1）囊性纖維化（Cystic fibrosis, CF）：屬常染色體隱性遺傳病，幾乎所有囊性纖維化男性患者都伴有先天性輸精管缺如（Congenital bilateral absence of the vas deferens, CBAVD）。
（2）揚氏綜合症（Yong syndrome）：主要表現三聯症：慢性鼻竇炎、支氣管擴張和梗阻性無精子症。生精功能正常，但由於濃縮物質阻塞附睪而表現為無精子症。手術重建成功率低。
（3）特發性附睪梗阻（Idiopathic epididymis obstruction）：該病罕見，1/3 患者存在囊性纖維變性基因突變，可能與囊性纖維化有關。
（4）成人多囊腎疾病（Adult polycystic kidney disease, APKD）：屬常染色體顯性遺傳病，患者體內臟器多發性囊腫，當附睪或精囊腺有梗阻性囊腫時可導致不育。
（5）射精管阻塞（Ejaculatory duct blockage）：佔無精子症病因的5％，可以是先天性的如苗勒管囊腫（Mullerian duct cyst）、沃爾夫管囊腫（Wolffian duct cyst）或閉鎖，也可是獲得性的如精囊結石或手術炎症的疤痕。
2、獲得性梗阻。主要為生殖系統感染、輸精管結紮切除術、腹股溝區的手術，意外損傷輸精管。此外，疝修補中應用補片後出現輸精管周圍的炎症反應導致輸精管阻塞。
3、功能性梗阻。干擾輸精管和膀胱頸部神經傳導的任何因素都可導致不射精或逆行性射精，常見的原因有如神經損傷和服用某些藥物後。
（二）精子功能或運動障礙
1、纖毛不動綜合症（Immotile cilia syndrome）。該病是由於精子運動器或軸突異常而導致其運動力的降低或喪失，從而導致生育障礙。
2、成熟障礙（Maturation arrest）。常見於輸精管結紮再通後。由於結紮後附睪管內長期高壓損傷
了附睪功能，再通後精子通過附睪時未獲得正常的成熟和運動能力，因此活力低下，但精子數目可以正常。
（三）免疫性不育
2％～10％的不育與免疫因素有關，常見原因有睪丸外傷、扭轉、活檢、感染或輸精管堵塞、吻合手術後等。
（四）感染
據報道，8％～35％不育症與男性生殖道感染性炎症有關，主要為感染導致輸精管道阻塞、抗精子抗體形成、菌精症、精液中白細胞的作用以及精漿異常。
（五）性交或射精功能障礙
性慾減退、ED、射精功能障礙是不育症的常見原因，糖尿病、膀胱尿道炎症、膀胱頸部肌肉異常、尿道下裂、手術或外傷損傷神經也可導致不射精或逆行射精；不良的性習慣如性交過頻繁、應用興奮劑、潤滑劑等也會影響生育。
四、特發性病因
特發性不育是指男性不育症找不到明確病因者，其影響生殖的環節可能涉及到睪丸前、睪丸本身、睪丸後的一個或多個環節。目前傾向與遺傳或環境因素等相關。
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