如果你瞭解飛秒鐳射在眼科角膜手術的工作原理，你就知道飛秒鐳射手術為什麼是高度安全了。飛秒鐳射手術的工作原理有兩個：一個是光傳輸原理，另外一個是光爆破原理。
首先，我們來看看飛秒鐳射的光傳輸原理：手術前醫生將患者的基本資訊資料和手術資料輸入電腦（包括鐳射聚焦、光爆破切削的深度，角膜瓣的直徑、蒂的大小和寬度；鐳射切削的能量等資料）。手術中醫生操作飛秒鐳射機，用壓平錐鏡將角膜壓平，這樣就可以保證飛秒鐳射發射頭到角膜各層組織的聚焦點之間的精準距離。鐳射聚焦的深度，也就是壓平錐鏡鏡片底部到鐳射聚焦點的距離，飛秒鐳射機按照醫生設定的模式傳輸鐳射脈衝,在角膜上進行各種靶向切削。簡要地說，飛秒鐳射的光傳輸原理給我們印象最深的是光傳輸的精準定向性和精確定位性。
我們再來看看飛秒鐳射的光爆破原理：鐳射脈衝聚焦到角膜組織中，產生光爆破；每一個脈衝的光爆破，產生一個微離子；每一個微離子，蒸發大約1微米的角膜組織；蒸發角膜組織產生擴充套件的水泡和CO2氣泡，水泡和氣泡被角膜組織吸收之後，角膜組織之間因此被分離。
電腦控制的光學傳輸系統產生成千上萬的鐳射脈衝, 成千上萬的鐳射脈衝按照密集的等寬度、等間距的籬笆牆式的光柵模式，在同一深度聚焦，產生光爆破，在角膜組織中形成一層微小直徑的氣泡，使角膜組織分離，形成相應的分離面，也就是飛秒鐳射的切削麵。LASIK手術中製作角膜瓣就是運用的這種切削模式形成水平的分離面和垂直面。
鐳射脈衝還可以在角膜組織中進行任何角度和任何範圍的堆砌聚焦，形成角度不同，範圍不同的組織分離，所以，飛秒鐳射可以在角膜移植手術和LASIK手術中對角膜進行片狀切削，製作精美的植片和角膜瓣；也可以在角膜基質環植入手術中對角膜進行點狀雕琢，製作隧道。
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