活檢是一種很好的獲得術前診斷的方法，但是仍然有其併發症。
主要包括：
（1）活檢後疼痛，這是常見的併發症，對症處理即可控制；
（2）活檢後出血和感染，因此對於創傷較大的活檢應於術後使用抗生素預防感染；
（3）穿刺為陰性結果，因為所取組織並非典型的腫瘤組織而不能得到正確的診斷；
（4）脊髓和脊神經損傷，對於脊柱的腫瘤穿刺活檢應在CT引導下進行，以減少神經和血管併發症的發生；
（5）氣胸，因穿刺針刺破胸膜而引起，胸椎腫瘤穿刺應在CT引導下進行；
（6）活檢可引起腫瘤的擴散，這種併發症往往是災難性的，因此活檢最好由最終手術的醫師進行，應對腫瘤的性質、分期及治療有充分的瞭解，進行充分的術前計劃， 並確保取材的針道位於手術切口上，以便能在最終手術時完整切除。
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