乙肝病毒感染的自然過程
人體的慢性乙肝病毒感染要經過三個階段，但又不能截然分開，臨床上可反覆波動，每個階段持續時間的長短也與抗乙肝病毒免疫力強弱有關。
第一期是免疫耐受期，乙肝病毒侵入人體內並沒有驚動免疫系統，免疫細胞對乙肝病毒熟視無睹，不認識，不攻擊，好像在睡大覺，任其為所欲為，大肆繁殖，不過乙肝病毒也還有點規矩，它們不去禍害人的肝臟，即使在肝細胞內定居也不損害肝細胞。這一時期儘管乙肝病毒在複製，大三陽，HBVDNA強陽性，但肝臟的炎症反應卻很輕，所以血中的轉氨酶多不升高，感染者沒有任何症狀。這一階段可持續10～20年。大多數乙肝帶毒者就是這樣。抗病毒治療無效，特異性免疫治療可打破免疫耐受，促使疾病早日康復。
第二期是免疫清除期，乙肝病毒在人體內肆無忌憚地繁殖，終於激怒了免疫細胞，它們覺醒了，開始迴應入侵者的進攻，向乙肝病毒發起攻擊，而最激烈的戰鬥無疑就在藏匿乙肝病毒的大本營――肝細胞內進行。由於戰鬥的白熱化，肝細胞也難免受到損傷，其所含的轉氨酶便會進入血液中，抽血化驗當然會發現轉氨酶升高了，轉氨酶的升高無疑也提示肝細胞損傷和免疫系統正在清除乙肝病毒。戰鬥的結果是，乙肝病毒的有生力量被殲滅，人體付出的代價就是肝細胞的損傷死亡。由此可見，肝炎不是乙肝病毒直接引起的，而是免疫細胞攻擊乙肝病毒誘導發生的。這種情況多在20至45歲之間發生，表現為肝功能異常，大三陽漸向小三陽轉化，HBVDNA逐漸下降，部分病人HBVDNA消失，臨床好轉。是抗病毒治療的最好時機。
第三期是病毒低複製期或殘留期，攻擊乙肝病毒的戰鬥基本上結束，乙肝病毒的囂張氣焰被打掉，還有一些“殘渣餘孽”遺留在體內，它們也很難興風作浪了。這時也步入了恢復期，表現為小三陽，HBVDNA陰性或低水平，常在40歲以後出現。但是，約有10～20％的這種低複製狀態在疾病的過程中可能因為目前還不清楚的原因而出現病毒再啟用，HBVDNA重新出現，肝臟病變再次加重，極易向肝硬化或肝癌發展。因此，此期的重點是增強抗乙肝病毒免疫力，防止出現病毒的再啟用，防止向肝癌轉化。
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