肛門常有短時間陣發性鈍痛，或疼痛持續數小時，是肛竇炎的臨床症狀常見的表現。肛竇炎又稱肛隱窩炎，常是肛管直腸部位感染性疾病的發源病灶，因症狀不重，易被忽視。
其病因與感染與損傷有關，肛竇因竇底在下，開口朝上，呈袋狀，引流差，容易貯藏糞便引發感染和損傷，肛竇的邊緣又有遊離的半月形的肛瓣，也容易受到幹糞塊的擦傷或被排便時撕裂。排便次數增多或患腸炎、痢疾、腹瀉、便祕等，頻繁刺激肛竇和肛瓣。身體和區域性抵抗力降低，或有周身慢性消耗性疾病，糞便和異物存積肛竇，竇道受到阻塞，使肛腺分泌的肛液引流不暢，加上糞便分解，病菌繁殖，肛竇即發炎腫脹。常見的致病菌有大腸埃希桿菌、葡萄球菌、變形桿菌、產氣桿菌、鏈球菌、結核桿菌、綠膿桿菌等，其中大腸埃希桿菌佔60％～70％。
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