肛門常有短時間陣發性鈍痛，或疼痛持續數小時，是肛竇炎的臨床症狀常見的表現。肛竇炎又稱肛隱窩炎，常是肛管直腸部位感染性疾病的發源病灶，因症狀不重，易被忽視。其病因與以下幾點有關。
1、性激素的影響：與皮脂腺一樣，肛腺的發育與功能主要受人體性激素的調節，性激素的高低直接影響著肛腺的增生與萎縮，因此性激素的水平與肛竇炎的發生有密切關係。而性激素中以雄激素的影響最大。人一生中，新生兒體內由母體帶來的雄激素較多，故肛周感染較多，一過發育成長期，隨雄激素水平下降，肛周感染有的可自愈。男性及青壯年雄激素水平較高，故而肛腺感染增多，肛周膿腫常發於青壯年。老年性激素水平明顯下降，肛腺隨之萎縮，因此老年很少發生肛竇炎及肛周感染。
2、胚胎髮育的影響：在胚胎髮育的第7周，洩殖腔膜和肛膜破裂，與後腸融合，此時洩殖腔膜的背側部分衍生為肛管、齒狀線和肛柱的下部，若由於某種原因造成肛膜與後腸之間發生異常融合，不能形成正常齒狀線和隱窩，而形成不規則齒狀線和過深隱窩，出生後容易受細菌感染和損傷，形成肛竇炎、肛周膿腫和肛瘻。臨床觀察證實肛周膿腫和肛瘻患者的肛隱窩常異常加深，可深達3～10mm，數目可增至3～13個，胚胎髮育影響著肛竇的學說已為專家廣泛認可。
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