理論上講錯頜畸形的治療各個年齡段都可以進行，但大部分錯頜畸形均有其最佳的治療時機。臨床上經常有家長抱怨因為不瞭解而錯過最佳治療時間。山東大學口腔醫院口腔正畸科劉洪
對於大多數牙齒排列畸形的患者，矯治應在換完乳牙後開始，一般年齡段在12歲左右，這時身體正處在身體青春快速發育期，錯牙合畸形的程度和複雜性已基本表現出來，同時上下頜骨和牙槽骨仍有較好的生長潛力，對正畸治療具有良好的反應，牙齒移動、牙槽骨改建也比較迅速，若能把握好這個時機對很多複雜的牙性、輕度骨性錯牙合畸形都能獲得良好的治療效果。濟寧市口腔醫院口腔正畸科張家坤
但也有很多的特殊情況。
有些錯牙合畸形應早期治療，否則有可能會發展成嚴重的面部骨骼畸形，增加日後矯治的難度。臨床上常見的反合畸形，（俗稱“地包天”），應該儘早進行治療，乳牙期最好在3-5歲進行正畸治療，換牙過程中8-10歲是比較好的治療時機。我們建議發現孩子是地包天畸形時儘早諮詢專業正畸醫生。
除了地包天需要早期治療外，部分下頜發育嚴重不足的患者，也應當儘早進行正畸治療。在生長髮育高峰期前一年進行功能誘導促進下頜骨發育，保證上下頜骨的協調。這種情況治療時機有限因此常有患者錯過最佳治療時間。這類骨性下頜後縮的治療時間一般治療時間為9-11歲。
當患者有牙齒埋伏阻生時一般也應當儘早治療，而不是等到牙齒替換完畢。臨床經常遇到患者的上頜門牙單側一直未萌，這種情況應當儘早拍片檢查，有可能發生牙齒阻生。埋伏阻生牙齒容易發生囊腫壓迫鄰牙牙根導致不必要的損害。因此如果發現對側牙萌出超過半年而該側牙齒仍未萌出的情況應當儘早醫院檢查。
對於部分嚴重的地包天，下頜發育過度，超過正畸治療的限度時，需要選擇正畸正頜聯合治療，治療時機需要後推至發育基本結束。一般選擇開始正畸治療的時間為17歲，治療一年半左右後也就是18歲進行正頜手術。
進行正畸治療沒有嚴格的年齡限制，只要牙齒健康，成年人同樣可以進行正畸治療。
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