由於宮腔內人工授精需要把精子注入子宮腔，有併發生殖道感染的可能。國外已有宮腔 內人工授精合併盆腔感染的報告，但發生率低。術中注意無菌操作、培養液中加入青黴素、鏈黴素對預防感染亦可有效。應用Percoll與上游法可以較有效地減少精液中細菌。
另外，由於宮腔內人工授精常採用促排卵治療，有發生卵巢過度刺激綜合症的可能，其中嚴重過度刺激綜合症發生率約為1％，可通過B超監測卵泡發育進行監測，並針對病者年齡、體重及卵巢基礎狀況調整用藥劑量。多胎妊娠與流產也是其合併症之一，宮腔內人工授精治療妊娠患者多胎妊娠與自然流產率發生率均可高達20％～30％。也有女性生殖道抗精子抗體形成的報告，宮腔內人工授精後婦女抗精子抗體陽性發生率約為4％～8％。
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