肛門疼痛患者臨床並不少見，大多數患者能找到明確的病因，但少部分患者病因不清，總體而言，導致肛門疼痛的原因大致有以下幾個方面：
1、精神因素：多由精神緊張引起，如肛門直腸的神經官能症、陰部神經的症候群、坐骨神經痛以及尾骨神經痛反射至肛門而引起肛門疼痛；
2、異物及不良飲食刺激：如外傷、直腸內異物、辛辣食物及酗酒等均可刺激肛門，而引起疼痛；
3、肛門直腸周圍感染：即肛門直腸周圍膿腫、肛竇炎、肛乳頭炎等，這些疾病也可造成肛門疼痛；
4、肛門疾病：如痔瘡嵌頓、炎性外痔、血栓外痔、肛裂、肛瘻等，均可引起肛門疼痛；
5、腸道感染或腹瀉、便祕：腸道感染，可使炎症刺激肛門，腹瀉和便祕可使糞便通過肛門時，機械性刺激肛門，從而導致肛門疼痛；
6、肛管直腸腫瘤：無論良性腫瘤，還是惡性腫瘤，其表面黏膜感染或直接壓迫肛門部，都可引導起肛門疼痛。晚期肛管直腸癌侵犯神經，可導致劇烈疼痛。
肛門疼痛，是由於肛門部感覺神經比較豐富，受刺激後會發生疼痛或劇烈疼痛，表現為刺痛、脹痛、灼痛、墜痛等，可發生在便時、便後、或其他時間，引起肛門疼痛的原因有很多，概括起來有12種；如發生在排便過程中和肛裂、肛竇炎、內痔嵌頓、外痔水腫；表現為持續疼痛的細菌性痢疾、阿米巴腸、潰瘍性結腸炎、血栓性外痔、肛周膿腫、肛瘻繼發感染、直腸癌、肛門異物損傷等；表現為間隙性疼痛的肛門直腸神經官能症、陰部神經症候群、直腸炎症等。
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