總體來說，相對於前列腺癌根治術，前列腺放射性粒子植入術的併發症較少，其發生術後尿失禁、排尿困難、性功能障礙的可能性較小，但是其也有自身放療產生的特殊併發症，分為短期併發症和長期併發症。
短期併發症（1年以內出現）主要因為放療損傷周圍組織直接造成，包括：尿頻、尿急及尿痛等尿路刺激症狀，排尿困難和夜尿增多，大便次數增多及裡急後重等直腸刺激症狀、直腸炎等。繼發性近距離放療的輕微直腸症狀通常是自限的。術後少量出血的發生率為1％-4％，嚴重直腸併發症（需要直腸造瘻）比例約為0％-1％，直腸併發症的發生率與直腸放射劑量以及接受高劑量的直腸長度有關。另有少見的併發症為勃起功能障礙，神經血管束的放療劑量與近距離放療後的勃起功能障礙有關。有研究稱近距離放療後有79％的患者可保留性功能，在近距離放療6年後有50％保持完全的性功能。對於術後存在勃起功能障礙的患者可服用枸櫞酸西地那非治療。
長期併發症（1年以後出現）主要包括：慢性尿瀦留、尿道狹窄、尿失禁等，總體發病率較低。
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