一般概括的講，X線鋇餐檢查對胃大體形態，收縮功能，粘膜下或胃外壓性病變以及病變定位較好，而胃鏡檢查可觀察胃粘膜改變，病變大小，形態，特別是可以直接進行活檢，取得病理學診斷，並且直觀，假陰性和假陽性率極低。這是胃鏡檢查的獨特優點。二者可結合應用，可以使優點互補，診斷率得到提高。
胃鏡的優點：
1、直觀：可以直接觀察食管、胃、十二指腸球及球后、降部粘膜，並具有放大作用，對診斷更加方便有利。
2、準確：通過胃鏡可以直接看到病變是否存在，色澤，大小形態，及周邊粘膜的狀態，並可以染色後進一步觀察，並可以取活檢，這是基他檢查方法所不具備的。
3、安全：胃鏡鏡身較為柔軟，光源為冷光源，無放射線輻射，應用安全，患者只有輕度噁心嘔吐，絕對禁忌症明顯減少，許多上消化道急症如嘔血、黑便等均可進行急診胃鏡檢查，保證了及時診斷，提高了治癒率。
4、診治並行：目前胃鏡檢查已不再是單純的診斷，而是診斷與治療能夠同時進行的先進手段，使以往許多需要剖腹探查手術的病人免除了開刀之苦，如電凝、電切、注射、鐳射和放置支架、碎石、取異物等。
5、資料完整可靠：可拍片，保持影象的原貌，報告單圖文並茂，直觀，便於會診和複查。
與胃鏡相比，X線胃腸透視檢查的特點是：臨床上應用歷史更久，一般人認為檢查時痛苦小，可以從整體上了解病變的部位，大小和與整個胃的關係，整體上可看清胃的形態，蠕動狀態，病變部位較胃鏡準確，但非直接徵象，因此陽性率、準確率不如胃鏡，且不能活檢，不能同時進行治療，還受檢查者經驗影響，易漏診。因此止消化道疾病診斷中，胃鏡檢查已呈普及及增多趨勢，已被大多數患者接受。在實際工作中，還需要醫生仔細檢查，決定是否需要X線胃腸透視還是胃鏡檢查。
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