附子理中丸由附子（制）、人蔘、（炒）白朮、乾薑、甘草五味中藥組成。其中附子為毒性中藥，臨床報道附子的副作用也相對較多。在附子理中丸藥品說明書“不良反應”項下，標註為“尚不明確”。作為治療脾胃虛寒的經典中藥，附子理中丸的副作用主要來源於附子。
附子主要含烏頭鹼、次烏頭鹼等生物鹼類成分，具有毒性。此類成分易在消化道吸收，藥理作用可興奮交感神經，而後抑制各種神經末梢及中樞神經系統。中毒患者主要表現為口脣、舌及四肢麻木，流涎，噁心，心悸，視物模糊，言語不清，心律失常等。中藥副作用一般是疊加累積所致，雖然附子理中丸中所用為制附子，但如果長期或超量服用，仍可使體內烏頭鹼含量蓄積而達到中毒劑量水平。特別是老年體弱、排洩功能不全患者，由於其自身代謝能力較差，長時間服用出現副作用的機率會增加。因此服用此藥應嚴格遵循醫囑，適量適度服用。
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