子宮內膜異位症的症狀主要表現為下腹痛、痛經、不孕、性交不適、月經異常等。治療目的在於縮減和去除病灶、減輕和控制疼痛、治療和促進生育、預防和減少復發。
症狀輕或者無症狀的輕微病變患者可採取期待治療，如定期複查，並對症處理病變引起的輕微痛經，可服用非甾體類抗炎藥如吲哚美辛、雙氯芬酸、布洛芬等。但對於希望生育的患者一般不用期待療法，應儘早促使其妊娠，妊娠之後，異位的子宮內膜病灶萎縮，分娩之後症狀會有所緩解甚至治癒。
但是非甾體類抗炎藥僅能緩解症狀，不能阻止病情進展，可使用激素類藥物如口服避孕藥、孕激素、米非司酮、孕三烯酮、達那唑等控制症狀，延緩病情進展，也可減少手術併發症、防止術後復發。
對於藥物治療後症狀不緩解、區域性病變加劇、生育功能未恢復或較大的卵巢內膜異位囊腫患者，則需採取手術治療，目前首選腹腔鏡手術，常用的手術方式包括保留生育功能手術、保留卵巢功能手術以及根治性手術等。術前3-6個月，一般需要先服用藥物，使病灶縮小，從而減少手術範圍。對於保守性手術、手術不徹底或術後疼痛不緩解的患者，術後需服用6個月的藥物治療，推遲復發。
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