先天性膽道閉鎖是能夠通過一系列的檢查方式確診的，可以通過血清總膽紅素的動態檢查、十二指腸引流一般性狀檢查、超聲檢查、核素掃描以及ERCP和MRCP等專案來確診。
每週測定血清膽紅素進行膽紅素的動態觀察，如以直接膽紅素升高為主的血清膽紅素量曲線持續上升，對利膽藥物治療無效；對苯巴比妥和激素治療無反應，提示為膽道閉鎖。十二指腸引流一般性狀檢查，能夠診斷由於結構異常所導致的膽道部分性梗阻，在膽道閉鎖早期肝細胞功能良好，五分鐘顯現肝影，但之後未見膽道顯影，可以診斷為先天性膽道閉鎖。超聲檢查顯示肝外膽管和膽囊發育不良或缺如。99mTc－EHIDA掃描腸內無核素顯示。ERCP檢查能夠發現先天性膽道閉鎖，比如僅僅胰腺管顯影，有時可發現胰膽管合流異常等現象。MRCP作為無創的膽道顯影方法，可以做膽道水成像重建，並做膽道閉鎖的分型，指導進一步治療。
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