在華法林抗凝治療時，如果病人需要接受外科手術，是一個相對麻煩一些的問題，因為抗凝治療可能導致手術部位出血增多。解決辦法是在手術前停用華法林數日，同時用肝素替代治療。因為肝素的半衰期很短，手術前停用肝素後，病人凝血功能即可恢復，降低手術出血的風險。但是，這樣做的風險在於會使病人有一個沒有華法林抗凝治療的時期，而肝素的抗凝效果不能完全代替等效於華法林。因此，手術前一定要仔細評估，是手術後出血給病人帶來的危險大，還是無華法林抗凝給病人帶來的危險大。
各個部位的手術，對術後出血的容許程度是不一樣的。同時，手術止血的難易程度也不盡相同。例如拔牙、面板脂肪瘤切除這種手術創面小，手術部位顯露好的小手術，可以進行有效的壓迫止血，即使術後出血稍微多些，也不會有太大的問題。而顱內手術就不同了。腦組織血管豐富，手術野顯露差，止血相對困難，如果手術後手術部位仍有出血，會導致顱內血腫，壓迫腦組織。因此，對於拔牙、面板、手指等部位的小手術(特別是門診手術)，根本無需進行肝素替代治療，而對顱腦、脊柱等關鍵部位的手術就必須慎重。
如果進行肝素替代治療，第一重要的是從停用華法林開始一直到手術後服用華法林使抗凝強度達到要求這一段時間內，每天檢查INR。一般在手術前4-5天停用華法林，這段時間經皮下注射低分子肝素5,000單位，12小時一次，手術前12小時停用。手術後傷口出血停止後，立即開始應用低分子肝素，劑量及方法同前，同時開始服用華法林，至INR達到規定的抗凝強度(一般3-5天)後停用肝素。如果是急診手術，可以在手術前儘早靜脈注射維生素K1，INR值可以在12-24小時內達到正常範圍。合適的維生素K1的劑量是可以迅速降低INR值至正常範圍，同時又不會對術後的華法林抗凝造成抵抗(如果病人體內有過多的維生素K，服用華法林後INR值不會馬上上升)的。要求術者手術中止血應該非常仔細。臨床工作中，我們經常有一些病人由於人工機械瓣膜功能障礙接受急診心臟手術，術前沒有停用華法林，手術系二次手術，需要鋸開胸骨，組織粘連嚴重，創面大。但是，只要止血徹底，術後出血並不比一般常規第一次手術嚴重。
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