腸鏡檢查時需要經肛門將腸鏡插至回盲部，很多人都會覺得痛苦，但實際上並沒有想象中那樣痛苦。隨著醫療技術的發展，目前腸鏡可分為普通型和無痛型兩種。普通型腸鏡無需麻醉，會有輕微的腹部脹痛，但大部分人都可以耐受，但對於體型偏瘦，尤其有腹部或者盆腔手術史的患者而言，腹部脹痛會嚴重些；而無痛型則由麻醉師給患者實施全身麻醉，使患者在深睡眠狀態下完成腸鏡的檢查，對檢查過程的痛苦和不適，患者並不知曉。
腸鏡檢查一般需要10-30分鐘，但因每個人的腸道走行不同，檢查期間不可避免會引起不同程度的腹部不適甚至腹痛。如果遇到一些腸道走行比較複雜的患者(如腹部盆腔手術導致腸道粘連者)，內鏡的難度會大大增加，操作時間也會延長，患者的腹部不適感更加明顯。
此外，在全部的腸鏡檢查中，前期準備工作和檢查之後都可能使患者感到些許不適。如檢查前要在規定時間內禁食，且檢查前一天晚上要口服瀉劑以清潔腸道，可能會影響前一天的睡眠，給人帶來一定的痛苦。該種情況可在檢查後喝一些糖鹽水防止虛脫，食用非刺激性食物，避免劇烈運動，以促進身體的恢復。
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