嬰兒發燒39℃一般不會影響智力，但少數嬰兒存在熱性驚厥的可能，在熱性驚厥發生15分鐘後，腦細胞會產生不可逆損傷，故需要引起重視。
嬰兒體溫39℃屬於高熱狀態，應積極降溫，高燒不僅會造成身體不適，過高體溫還可能造成驚厥，造成腦損傷。一般需要使用退熱栓劑，或者服用嬰兒專用的退熱藥物，使其快速退熱，注意服用劑量。同時進行物理降溫，給嬰兒服用溫開水，用溫熱毛巾擦身，促進毛細血管擴張，增加散熱。
若患兒經過物理治療和藥物治療後高燒不退，則需要前往醫院兒科急診治療，防止嬰兒出現意識喪失、肌肉抽搐等熱性驚厥反應，對腦細胞造成嚴重損害。
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