如果扁桃體二度腫大發生在兒童時期，則屬於扁桃體生理性肥大期，隨著年齡的增長，有逐漸自行萎縮的可能。但如果患者是成年人，基本上不會萎縮。
扁桃體是免疫器官，當有細菌及病毒侵入時，其作為第一道防線，會發生炎症反應。如果扁桃體反覆發炎就會導致扁桃體腫大。二度腫大是指扁桃體超過舌顎弓，但未超過咽顎弓。如果扁桃體二度腫大發生在兒童期，通過控制扁桃體反覆發炎，則可使腫大的扁桃體逐漸萎縮，並自行恢復。但如果發生於成年人，由於腫大的扁桃體難以完全消腫，且存在扁桃體反覆發炎的可能，故患者基本上不能自愈。
扁桃體二度腫大患者，如果沒有咽部疼痛、咽部異物感、睡眠打鼾憋氣、吞嚥時阻塞感等症狀，則可不予處理，注意觀察即可。如果患者有以上症狀，影響了呼吸、吞嚥、發音功能，則需考慮手術切除扁桃體。
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