“小三陽”自愈轉陰的機率較低，年發生率僅為0.5％-1％，且整個轉陰過程所需時間個體存在差異性，不能一概而論，無明確時間。
多數“小三陽”患者可通過治療後轉陰。採取不同的抗病毒治療方案，轉陰的比例也有所不同：採用聚乙二醇干擾素抗病毒療法，治療48周後，小三陽轉陰率約3％；聚乙二醇有後續效應，停藥三年後，轉陰率可達8％；單純口服核苷（酸）類似物（恩替卡韋、替諾福韋酯，丙酚替諾福韋酯）表面抗原轉陰率低於3％。目前，口服核苷類似物聯合長效干擾素使得表面抗原轉陰率大幅提高，但佔整體乙肝人群仍不足20％。
此外，小三陽病毒攜帶者，若沒有自覺症狀，且肝功正常，沒有肝臟的纖維化，則不需要治療，臨床上屬於免疫耐受期，一般不會影響正常生活。
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