對於無毒性的中藥和治療重大疾病如腫瘤可以長期服用。連續喝中藥的時間無具體標準，應根據病情輕重，一般服用時間在1周到數月不等。
西醫認為中藥主要的風險之一是肝腎毒性，中草藥含有大量不明藥物代謝動力學成分，而此成分多數經由肝臟代謝，所以服用中藥後1-3個月，需檢查血生化，以確保肝腎功能是否受損。對於慢性病，定時長期服藥者，需根據一個療程的用藥時間及療效，決定是否暫時停藥，一般時令病或實性病症，治癒後則可停藥。部分中藥屬於藥食同源，即中藥本身即為食物，因此可以經常食用，而毒性較大或成分不明確或致癌性中藥，如馬兜鈴、木通則不建議經常食用，特別是有肝腎疾病者。
此外，雖然中藥藥性溫和，毒副作用較小，但不宜長期服用，以免中毒，建議根據病情恢復情況在中醫內科醫生的指導下，定期調整處方。
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