目前尚無文獻報道磁共振可對人體產生明顯危害或傷殘，只是在檢查的過程中，可能會使人體感到輕微不適。
患者的不適主要來自於兩方面，第一是磁共振的檢查艙較長，空間比較狹窄，其大而圓的通道可使患者感覺心理恐慌。第二是檢查過程中，磁共振儀器會發出刺耳的噪音，使患者感到不舒服，甚至難受。此外，磁共振還具有一定熱效應，可產生部分熱能，亦可使人體產生不適。
若患者體記憶體在內建物如血管支架、心臟起搏器等進行檢查，則會造成較大的危害，甚至會有生命危險。進行磁共振檢查前，醫生應對患者進行檢查注意事項的充分告知。
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