腦炎住院時間和病因、病情嚴重程度、患者身體素質、有無併發症等原因有關，一般病毒性腦炎需住院治療14-21天。
腦炎常見的病因有病毒、細菌、結核桿菌、真菌等病原體感染。其他原因還有變態反應性疾病，如自身免疫性腦炎、急性播散性腦脊髓炎等。通常所謂的腦炎多指病毒性腦炎，其住院治療主要是抗病毒治療和對症治療，具體包括臥床休息、保持呼吸道通暢，必要時吸氧、吸痰，注意保暖，供給一定的水分、營養及電解質，減輕腦水腫、抗癲癇、預防併發症等，一般需要14-21天。如果腦炎程度較重、併發症較多，額治療的時間就會相對延長。
腦炎患者出現昏迷、呼吸衰竭等表現，表明預後較差。部分患者可遺留肌肉癱瘓、癲癇、肢體癱瘓、智慧障礙等後遺症。
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