治療過程中或是治療後疼痛劇烈、腫脹或是長時間不舒服可能的原因及處理方法 ：
1、根管治療的過程中治療器械超出根尖空損傷根尖周圍組織，造成組織水腫(根管預備後出現疼痛)
2、根管預備時將根管內的壞死組織和細菌推出了根尖孔，造成了根尖的急性炎症(經常是患牙雖然神經死了但是不痛，醫生治療後出現疼痛)
3、根管消毒中藥物滲出根尖孔造成化學性根尖周炎(提示患者治療中應該按時複診)
4、處理牙髓的過程中根尖出血(一次性根管治療或是局麻下拔髓中止血非常關鍵)
以上情況需要按照急性炎症處理，對牙齒做適當的調磨，全身輸液消炎，待炎症消除後再行治療。對於已經根管充填的患者經過處理後會逐漸好轉。
5、遺漏有感染的根管。需要找到被遺漏的根管，然後做根管充填治
6、根管充填不到位。需要重新做根管充填治療
7、根管充填時牙膠超出了根尖孔對根尖造成刺激
8、慢性根尖周炎根尖炎症無法通過根管治療完全消除
以上兩項需通過根尖手術將根尖的炎症去除
9、根分叉病變無法通過根管充填解決問題
10、牙周牙髓聯合病變―逆行性牙髓炎
以上兩項需要做牙周處理、降低咬合，如實在無法保留可以考慮拔除
11、牙齒本身有隱裂，雖完善根管治療，但是無法解決患牙長時間咬合痛。需儘早冠套修復，如無法保留應該儘早拔除
12、由於患牙位置特殊，根管充填過程中器械超出根尖孔或是根充糊劑超出根尖孔對下齒槽神經造成刺激。儘早使用營養神經藥物、區域性理療、微波處理，一般三個月後會逐漸好轉。
13、周圍其他牙齒的問題。找到其他牙齒儘早治療。
總之根管充填治療是個非常複雜的過程，治療過中醫生難免出現這樣或者那樣的問題，一旦出現了疼痛或是腫脹患者對醫生應該有足夠的信任，給醫生足夠的時間，以上的情況在臨床上經常發生。
但是經過醫生及時處理，絕大多數的患牙都能夠完全恢復，只有很少數疑難的情況，醫生也無法解釋，對於這類患牙我認為可以全身輸液控制炎症前提下，可以採取根尖切除手術，如果實在無法處理的情況最終的結局就是拔出，但是一定與三叉神經疼痛做鑑別。
注：此資訊源于網路收集，如有健康問題請及時咨詢專業醫生。